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Para cumplir con los objetivos y llevar cabo las funciones asumidas por la Comisión, está conformada las siguientes Mesas de Trabajos:
Mesa 1: Comité Directivo, Integración Centroamericana y Asuntos Internacionales.
Mesa 2: Coordinación técnica de los proyectos en curso y futuros, Asesoría y Transferencia tecnológica
Mesa 3: Infraestructura Tecnológica y Plataforma de Interoperabilidad
Mesa 4: Difusión, Formació y Relaciones Públicas
Mesa 5: Estandarización de los datos básicos, normas, estándares y mejores prácticas.
Mesa 6: Aspectos Legales
